സ്‌പെയിനിലെ ഒരു പ്രഭു കുടുംബമായ ബാസ്‌ക്യു കുടുംബത്തിലാണ് വിശുദ്ധ ഫ്രാൻസിസ് സേവ്യറിന്റെ ജനനം. പാരീസിലെ സർവ്വകലാശാലയിൽ വിദ്യാഭ്യാസം പൂർത്തിയാക്കി ബിരുദാനന്തര ബിരുദം നേടിയ ശേഷം അവിടെ തന്നെ അദ്ദേഹം തത്വശാസ്ത്രം പഠിപ്പിച്ചു തുടങ്ങി. ഇവിടെ വെച്ചാണ് അദ്ദേഹം ലൊയോളയിലെ വിശുദ്ധ ഇഗ്‌നേഷ്യസിനെ കണ്ടുമുട്ടുന്നത്. തുടർന്ന് അദ്ദേഹം ആദ്യ ഏഴ് ജെസ്യൂട്ടുകളിൽ ഒരാളായി തീർന്നു. 1540-ൽ അദ്ദേഹം സുവിശേഷ പ്രഘോഷണത്തിനായി ഗോവയിൽ എത്തിച്ചേർന്നു.
ഗോവയിൽ വിശുദ്ധൻ പ്രായപൂർത്തിയായവർക്ക് പ്രബോധനങ്ങൾ നൽകുകയും തെരുവിൽ മണിയടിച്ച് കുട്ടികളെ വിളിച്ചു കൂട്ടുകയും അവർക്ക് വേദപാഠങ്ങൾ പകർന്നു നൽകുകയും ചെയ്തു. കൂടാതെ ആശുപത്രികളും തടവറകളും സന്ദർശിക്കുകയും ചെയ്തു. ക്രമേണ വിശുദ്ധൻ ഇന്ത്യകാർക്കിടയിൽ സുവിശേഷം പ്രഘോഷിക്കുവാൻ ആരംഭിച്ചു. കത്തോലിക്കാ സഭയുടെ പ്രബോധനങ്ങൾ വളരെ ലളിതമായ നാട്ടു കഥകളായും ചെറിയ ഗാനങ്ങളാക്കിയും അദ്ദേഹം നാട്ടുകാരുടെ ഹൃദയങ്ങളിൽ പതിപ്പിച്ചു.
1551-ൽ ജപ്പാനിൽനിന്ന് തിരികെ ഇന്ത്യയിലേക്കുള്ള യാത്രയിൽ ചൈനയിലെ സാൻസിയൻ ദ്വീപിലെ കാന്റൺ നദീമുഖത്തെത്തിയപ്പോഴേക്കും വിശുദ്ധനു പനി പിടിക്കുകയും. ചുട്ടുപൊള്ളുന്ന മണലിൽ ഉപേക്ഷിക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ ആൾവാറസ് എന്ന പാവപ്പെട്ട മനുഷ്യൻ വിശുദ്ധനെ കാണുകയും തന്റെ കുടിലിലേക്ക് കൊണ്ടു പോവുകയും ചെയ്തു. പ്രാർത്ഥനകൾ ചൊല്ലികൊണ്ട് രണ്ടാഴ്ചയോളം വിശുദ്ധൻ അവിടെ ജീവിച്ചിരുന്നുവെങ്കിലും 1552 ഡിസംബർ മൂന്നിന് മരണമടഞ്ഞു.
മൂന്ന് മാസത്തിനു ശേഷം കല്ലറ തുറന്നു നോക്കിയപ്പോൾ അദ്ദേഹത്തിന്റെ മൃതദേഹം യാതൊരു കോട്ടവും തട്ടാതെയും അഴുകാതെയും ഇരിക്കുന്നതായി കാണപ്പെട്ടു. ഇത് പിന്നീട് ഗോവയിലേക്ക് കൊണ്ട് വന്നു. ഇപ്പോഴും ഇത് അവിടെ സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു. 1622 മാർച്ച് 12-ന് പോപ്പ് ഗ്രിഗറി പതിനഞ്ചാമൻ വിശുദ്ധനായി പ്രഖ്യാപിച്ചു. വിശുദ്ധ പിയൂസ് പത്താമൻ മാർപാപ്പാ വിശുദ്ധ ഫ്രാൻസിസിനെ വിദേശ സുവിശേഷക ദൗത്യങ്ങളുടേയും എല്ലാ സുവിശേഷക പ്രവർത്തനങ്ങളുടേയും മദ്ധ്യസ്ഥനായി പ്രഖ്യാപിച്ചു.