482-ല്‍ വിശുദ്ധന് 28 വയസ്സായപ്പോള്‍ സെബാസ്റ്റേയിലെ മെത്രാപ്പോലീത്തയുടെ നിര്‍ദ്ദേശപ്രകാരം വിശുദ്ധന്‍ അര്‍മേനിയായിലെ കൊളോണിയനിലെ മെത്രാനായി അഭിഷിക്തനായി. മെത്രാനായി നിയമിതനായെങ്കിലും വിശുദ്ധന്‍ തന്റെ ആശ്രമജീവിതത്തിലെ നിയമങ്ങള്‍ ഉപേക്ഷിച്ചിരുന്നില്ല. രാജധാനിയില്‍ ഉന്നത പദവികളിലിരുന്ന വിശുദ്ധന്റെ സഹോദരനും അനന്തരവനും വിശുദ്ധന്റെ പാത പിന്തുടര്‍ന്നുകൊണ്ട്, ഭൗതീകസുഖങ്ങള്‍ ഉപേക്ഷിച്ച് ആത്മീയജീവിതം സ്വീകരിച്ചു.

ഒരു മെത്രാനെന്ന നിലയില്‍ ഒമ്പത് വര്‍ഷത്തോളം വിശുദ്ധന്‍ തന്റെ ചുമതലകള്‍ ഭംഗിയായി നിര്‍വഹിച്ചു. തനിക്കുള്ളതെല്ലാം വിശുദ്ധന്‍ പാവങ്ങള്‍ക്ക് വീതിച്ചുകൊടുത്തു. തന്റെ കുഞ്ഞാടുകള്‍ക്ക് സുവിശേഷം പ്രഘോഷിക്കുകയും, അതനുസരിച്ച് ജീവിക്കുവാനുള്ള മാതൃക സ്വന്തം ജീവിതം കൊണ്ട് വിശുദ്ധന്‍ അവര്‍ക്ക് കാണിച്ചുകൊടുക്കുകയും ചെയ്തു. ഒരു രാത്രി വിശുദ്ധന്‍ പ്രാര്‍ത്ഥിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കുമ്പോള്‍ അദ്ദേഹത്തിന്റെ മുന്‍പിലായി ഒരു തിളങ്ങുന്ന കുരിശ് പ്രത്യക്ഷപ്പെടുകയും, “നീ രക്ഷിക്കപ്പെടുവാന്‍ ആഗ്രഹിക്കുന്നുണ്ടെങ്കില്‍ ഈ പ്രകാശത്തെ പിന്തുടരുക” എന്നൊരു ശബ്ദവും കേള്‍ക്കുകയും ചെയ്തുവെന്നും പറയപ്പെടുന്നു. ആ കുരിശ് വിശുദ്ധന്റെ മുന്‍പിലൂടെ ചലിക്കുകയും, അവസാനം വിശുദ്ധ സാബായുടെ ആശ്രമകുടീരത്തിനെ കാണിച്ചുകൊടുക്കുകയും ചെയ്തതായി വിശുദ്ധന്റെ ജീവചരിത്ര രചയിതാവ് സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തുന്നു. ഇതേ തുടര്‍ന്ന്‍ വിശുദ്ധന്‍ തന്റെ മെത്രാന്‍ പദവി ഉപേക്ഷിച്ച് പലസ്തീനായിലേക്ക് പോകുന്ന ഒരു കപ്പലില്‍ കയറി.

ആദ്യം അദ്ദേഹം ജെറൂസലേമിലേക്കാണ് പോയത്‌, പിന്നീട് അതിനു സമീപത്തുള്ള വിശുദ്ധ സാബായുടെ ആശ്രമത്തിലേക്കും. അപ്പോള്‍ വിശുദ്ധന് 38 വയസ്സായിരുന്നു പ്രായം. വിശുദ്ധ സാബാ, ജോണിനെ വെള്ളം കോരുവാനും, കല്ല്‌ ചുമക്കുവാനും, പുതിയ ആശുപത്രിയുടെ പണികളില്‍ മുഴുകിയിരിക്കുന്ന തൊഴിലാളികളെ സഹായിക്കുവാനുമാണ് ചുമതലപ്പെടുത്തിയത്. അതിനു ശേഷം അതിഥികളെ സ്വീകരിക്കുകയും അവരെ സല്‍ക്കരിക്കുകയും ചെയ്യുന്ന ജോലിക്കായി വിശുദ്ധനെ നിയമിച്ചു. ആ ദൈവീക മനുഷ്യന്‍ എല്ലാവരേയും ക്രിസ്തുവിനെപോലെ കരുതികൊണ്ട് സ്വീകരിക്കുകയും സേവിക്കുകയും ചെയ്തു. ഇതിനോടകം തന്നെ തന്റെ സന്യസാര്‍ത്ഥി ആശ്രമജീവിതത്തിന് പറ്റിയ ആളാണെന്ന കാര്യം വിശുദ്ധ സാബാക്ക് മനസ്സിലാവുകയും ജോണിനെ അവന്റെ ആത്മീയ ദൈവനിയോഗത്തിനായി അനുവദിക്കുകയും ചെയ്തു.

സ്വന്തമായി ഒരു ആശ്രമകുടീരം തന്നെ അദ്ദേഹം വിശുദ്ധന് നല്‍കി. അവസാനം വിശുദ്ധന്റെ യോഗ്യതയും വിശുദ്ധിയും മനസ്സിലാക്കിയ വിശുദ്ധ സാബാ ജോണിനെ പുരോഹിത പട്ട സ്വീകരണത്തിനായി പാത്രിയാര്‍ക്കീസായിരുന്ന ഏലിയാസിന്റെ പക്കലേക്കയച്ചു. പുരോഹിതനാകുന്നതിനു മുന്‍പ് വിശുദ്ധന്‍ പാത്രിയാര്‍ക്കീസിനോട് താന്‍ ഒരു മെത്രാനായിരുന്നുവെന്ന കാര്യം അറിയിച്ചു. ഇത് കേട്ട് അമ്പരന്നു പോയ പാത്രിയാര്‍ക്കീസ്‌ വിശുദ്ധ സാബായെ വിളിച്ച് ‘ജോണ്‍ തന്നോടു വെളിപ്പെടുത്തിയ ചിലകാര്യങ്ങളുടെ അടിസ്ഥാനത്തില്‍ തനിക്കദ്ദേഹത്തിന് പുരോഹിത പട്ടം നല്‍കുവാന്‍ കഴിയുകയില്ല എന്നറിയിച്ചു. വിശുദ്ധ സാബായാകട്ടെ ജോണിനെ വിളിച്ച് ഇക്കാര്യങ്ങള്‍ തന്നില്‍ നിന്നും മറച്ചുവെച്ചതില്‍ പരാതിപ്പെട്ടു. തന്റെ രഹസ്യം പുറത്തായതിനാല്‍ വിശുദ്ധന്‍ ആ ആശ്രമം വിട്ട് പോകുവാനൊരുങ്ങിയെങ്കിലും വിശുദ്ധ സാബാ ഈ രഹസ്യം ഇനി ആരോടും വെളിപ്പെടുത്തുകയില്ല എന്ന വ്യവസ്ഥയില്‍ അദ്ദേഹത്തെ അവിടെ തുടരുവാന്‍ അനുവദിച്ചു.

അതിനു ശേഷം വിശുദ്ധന്‍ ആരോടും സംസാരിക്കാതെ ഒരു മുറിയില്‍ ഒറ്റക്ക് കഴിഞ്ഞു. തനിക്ക് വേണ്ട സാധനങ്ങള്‍ തരുവാന്‍ വരുന്നവരോടല്ലാതെ മറ്റാരോടും വിശുദ്ധന്‍ സംസാരിക്കാറില്ലായിരുന്നു. ആ ആശ്രമത്തിലെ കുഴപ്പക്കാരായ ചില അന്തേവാസികള്‍ വിശുദ്ധ സാബാക്കെതിരായി തിരിയുകയും അദ്ദേഹത്തിന് ആശ്രമം വിട്ട് പോകേണ്ടതായി വരികയും ചെയ്തു. ഇതില്‍ യാതൊരു പങ്കുമില്ലാതിരുന്ന വിശുദ്ധ ജോണ്‍ സമീപത്തുള്ള ഒരു വനത്തില്‍ പോയി നിശബ്ദമായി ജീവിച്ചു. ഏതാണ്ട് ആറു വര്‍ഷത്തോളം വിശുദ്ധന്‍ ആ നിശബ്ദ ജീവിതം നയിച്ചു.

പിന്നീട് 510-ല്‍ വിശുദ്ധ സാബാ ആശ്രമത്തില്‍ തിരികെയെത്തിയപ്പോള്‍ അദ്ദേഹം വിശുദ്ധ ജോണിനെ വനത്തില്‍ നിന്നും ആശ്രമത്തിലേക്ക് കൂട്ടികൊണ്ട് വന്നു. ഏതാണ്ട് 40 വര്‍ഷത്തോളം വിശുദ്ധന്‍ ആ ആശ്രമത്തിലെ തന്റെ മുറിയില്‍ നിശബ്ദനായി താമസിച്ചു. എന്നിരുന്നാലും തന്നില്‍ ശരണം പ്രാപിക്കുന്നവര്‍ക്ക് വേണ്ട ഉപദേശങ്ങള്‍ നല്‍കുവാന്‍ വിശുദ്ധന്‍ ഒരിക്കലും മടികാണിച്ചിരുന്നില്ല. അപ്രകാരം ശരണം പ്രാപിച്ചവരില്‍ പണ്ഡിതനും, സന്യാസിയുമായിരുന്ന സിറിലും ഉണ്ടായിരുന്നു. അദ്ദേഹമാണ് വിശുദ്ധന്റെ ജീവചരിത്രം എഴുതിയത്.

ഇതില്‍ വിശുദ്ധ സിറില്‍ ഒരു സംഭവം വിവരിച്ചിരിക്കുന്നു: തനിക്ക് 16 വയസ്സ് പ്രായമുള്ളപ്പോള്‍ അദ്ദേഹം വിശുദ്ധ ജോണിന്റെ പക്കല്‍ ചെല്ലുകയും തന്റെ ജീവിതത്തില്‍ തിരഞ്ഞെടുക്കേണ്ട വഴിയേക്കുറിച്ച് വിശുദ്ധനോട് ഉപദേശം ആരായുകയും ചെയ്തു. അപ്പോള്‍ വിശുദ്ധന് 90 വയസ്സായിരുന്നു പ്രായം. വിശുദ്ധ ഇയൂത്തിമിയൂസിന്റെ ആശ്രമത്തില്‍ ചേരുവാന്‍ അദ്ദേഹം സിറിലിനെ ഉപദേശിച്ചു. എന്നാല്‍ സിറിലിനാകട്ടെ ജോര്‍ദാന്റെ തീരത്തുള്ള ഏതെങ്കിലും ആശ്രമത്തില്‍ ചേരുവാനായിരുന്നു ആഗ്രഹം. സിറില്‍ തന്റെ ഇഷ്ടപ്രകാരമുള്ള ആശ്രമത്തില്‍ ചേര്‍ന്നപ്പോഴേക്കും അദ്ദേഹത്തിന് കലശലായ രോഗം പിടിപ്പെട്ടു.

ദിനം പ്രതി അദ്ദേഹത്തിന്റെ അവസ്ഥ വഷളായികൊണ്ടിരുന്നു. വിശുദ്ധ ജോണിന്റെ ഉപദേശം സ്വീകരിക്കാഞ്ഞതില്‍ അദ്ദേഹത്തിന് പശ്ചാത്താപം തോന്നി. ആ രാത്രിയില്‍ വിശുദ്ധ ജോണ്‍ അദ്ദേഹത്തിന് ഉറക്കത്തില്‍ പ്രത്യക്ഷപ്പെടുകയും വിശുദ്ധ ഇയൂത്തിമിയൂസിന്റെ ആശ്രമം അറ്റകുറ്റപണികള്‍ നടത്തുകയാണെങ്കില്‍ അവനു തന്റെ പഴയ ആരോഗ്യം വീണ്ടുകിട്ടും എന്നറിയിക്കുകയും ചെയ്തു. സിറില്‍ അപ്രകാരം പ്രവര്‍ത്തിക്കുകയും ചെയ്തു.

മറ്റൊരവസരത്തില്‍, സിറില്‍ വിശുദ്ധ ജോണുമായി സംസാരിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കെ ജോര്‍ജ് എന്ന് പേരായ ഒരു മനുഷ്യന്‍ തന്റെ പിശാച് ബാധിതനായ തന്റെ മകനെയും കൊണ്ട് വിശുദ്ധന്റെ പക്കലെത്തി. വിശുദ്ധന്‍ ആ ബാലന്റെ നെറ്റിയില്‍ വിശുദ്ധ തൈലം കൊണ്ട് കുരിശടയാളം വരക്കുകയും ഉടനടി തന്നെ ആ ബാലന്‍ സുഖം പ്രാപിക്കുകയും ചെയ്തതായും സിറില്‍ വിവരിക്കുന്നു. കൂടാതെ മതവിരുദ്ധവാദിയായ കോണ്‍സ്റ്റാന്റിനോപ്പിളിലെ ഒരു പ്രഭുവിനെ വിശുദ്ധന്‍ അതി ഭക്തനായ കത്തോലിക്കാ വിശ്വാസിയാക്കി മാറ്റുകയുണ്ടായി. തന്റെ ജീവിത മാതൃകകൊണ്ടും ഉപദേശങ്ങള്‍കൊണ്ട് വിശുദ്ധന്‍ ജോണ്‍ നിരവധി ആളുകളെ ദൈവത്തിങ്കലേക്ക് തിരിച്ചിട്ടുണ്ടെന്ന് ദൈവശാസ്ത്ര പണ്ഡിതര്‍ പറയുന്നു.