1378-ല്‍ ചാള്‍സ് നാലാമന്‍ ചക്രവര്‍ത്തി പ്രേഗില്‍ വെച്ച് മരണപ്പെട്ടു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ മകനായ വെന്‍സെസ്ലാവൂസ് തന്റെ പിതാവിന്റെ മരണത്തേതുടര്‍ന്ന്‍ അധികാരത്തിലെത്തി. ചക്രവര്‍ത്തിയാകുമ്പോള്‍ വെറും പതിനാറ് വയസ്സ് മാത്രം പ്രായമുണ്ടായിരുന്ന വെന്‍സെസ്ലാവൂസ് അധികാരത്തിനും, മുഖസ്തുതിയിലും മയങ്ങി ദുര്‍വൃത്തിപരമായ ജീവിതത്തിലേര്‍പ്പെടാന്‍ തുടങ്ങി. അലസതയുടേയും, മദ്യപാനത്തിന്റേയും പര്യായമായി മാറി വെന്‍സെസ്ലാവൂസ്. വിശുദ്ധ വിശുദ്ധ ജോണിന്റെ പ്രശസ്തിയെ കുറിച്ച് കേട്ടറിഞ്ഞ അദ്ദേഹം, വിശുദ്ധനോട് തന്റെ രാജധാനിയില്‍ അനുതാപത്തെകുറിച്ച് പ്രബോധനം നടത്തുവാന്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടു. എന്നാല്‍ ഈ ദൗത്യം എത്രമാത്രം അപകടം നിറഞ്ഞതാണെന്ന് വിശുദ്ധനറിയാമായിരുന്നു. എന്നിരുന്നാലും വിശുദ്ധന്‍ ആ ദൗത്യം സന്തോഷപൂര്‍വ്വം സ്വീകരിക്കുകയും പ്രഭാഷണം നടത്തുകയും ചെയ്തു.

അധികം താമസിയാതെ ചക്രവര്‍ത്തിയുള്‍പ്പെടെ സകലരുടേയും പ്രീതിക്ക് ജോണ്‍ പാത്രമായി. തന്മൂലം ചക്രവര്‍ത്തി വിശുദ്ധന് ലെയിട്ടോമെറിറ്റ്സിലെ മെത്രാന്‍ പദവി വാഗ്ദാനം ചെയ്തെങ്കിലും വിശുദ്ധന്‍ ആ പദവി സ്വീകരിച്ചില്ല. പിന്നീട് വിച്ചെറാഡ്റ്റിലെ മെത്രാന്‍ പദവിക്കടുത്ത സ്ഥാനം (പൊവോസ്റ്റ്ഷിപ്‌) വാഗ്ദാനം ചെയ്തുവെങ്കിലും അതും വിശുദ്ധന്‍ നിരസിച്ചു. വിശുദ്ധന്‍ രാജാവിന്റെ ദാനധര്‍മ്മപ്രവര്‍ത്തികളുടെ മേല്‍നോട്ടക്കാരനായി ചുമതലയേക്കുകയാണ് ചെയ്തത്. ഇത് വിശുദ്ധന് പാവപ്പെട്ടവരെ സഹായിക്കുന്നതിനും, നിരവധി ആത്മാക്കളെ ദൈവത്തിലേക്ക് തിരിക്കുന്നതിനും അവസരം നല്‍കി.

ചക്രവര്‍ത്തിനിയും ഭക്തയുമായിരുന്ന ജെയിനിന്റെ ആത്മീയ ഉപദേശകനും കൂടിയായിരുന്നു വിശുദ്ധന്‍. ചക്രവര്‍ത്തി അവളെ സ്നേഹിച്ചിരുന്നുവെങ്കിലും എളുപ്പം മനസ്സ് മാറുന്നവനായിരുന്നു. അതിനാല്‍ തന്നെ ആ രാജകുമാരിക്ക് നിരവധിയായ സഹനങ്ങള്‍ സഹിക്കേണ്ടതായി വന്നു. എന്നാല്‍ അവള്‍ വിശുദ്ധനെ അവളുടെ ആത്മീയ നിയന്താവായി സ്വീകരിച്ചതോടെ വിശുദ്ധനെ ഉപദേശങ്ങള്‍ മൂലം അവള്‍ തന്റെ സഹനങ്ങളെ ക്ഷമാപൂര്‍വ്വം സഹിക്കുവാന്‍ പരിശീലിച്ചു.

മുന്‍പത്തേക്കാള്‍ അധികമായി അവള്‍ ഭക്തികാര്യങ്ങളില്‍ ഏര്‍പ്പെട്ടു. മലിനമായ ഹൃദയം എല്ലാത്തിനേയും വിഷമയമാക്കും എന്ന് പറയുന്നത് പോലെ ചക്രവര്‍ത്തിനിയുടെ ഭക്തികാര്യങ്ങള്‍ വെന്‍സെസ്ലാവൂസിനെ ദേഷ്യം പിടിപ്പിക്കുകയും അതേചൊല്ലി അവളോടു വാഗ്വാദത്തില്‍ ഏര്‍പ്പെടുകയും ചെയ്തു. തന്നേക്കുറിച്ചുള്ള സ്വകാര്യകാര്യങ്ങള്‍ അവള്‍ അവളുടെ കുമ്പസാരത്തില്‍ വിശുദ്ധന് വെളിപ്പെടുത്തികൊടുത്തിട്ടുണ്ടാവും എന്ന് കരുതിയ ചക്രവര്‍ത്തി ആ കുമ്പസാര രഹസ്യങ്ങള്‍ എങ്ങിനേയെങ്കിലും വിശുദ്ധനില്‍ നിന്നും അറിയുവാന്‍ തീരുമാനിച്ചു.

ആദ്യം നേരിട്ടല്ലാതെ വിശുദ്ധനില്‍ നിന്നും വിവരങ്ങള്‍ ആരാഞ്ഞുവെങ്കിലും ഫലപ്രദമാകാത്തതിനാല്‍ നേരിട്ട് ചോദ്യം ചെയ്യല്‍ തുടങ്ങി. എന്നാല്‍ വിശുദ്ധന്‍ യാതൊന്നും വെളിപ്പെടുത്തിയില്ല. അതേതുടര്‍ന്ന് ക്രൂരനായ ആ ഭരണാധികാരി വിശുദ്ധനെ ക്രൂരമായി പീഡിപ്പിക്കുവാന്‍ ഉത്തരവിട്ടു. ക്രൂരമായ പീഡനങ്ങള്‍ ഏറ്റു വാങ്ങുമ്പോഴും വിശുദ്ധന്‍ യേശുവിന്റെയും, മാതാവിന്റെയും നാമങ്ങള്‍ ഉച്ചരിക്കുക മാത്രമാണ് ചെയ്തത്. തുടര്‍ന്ന് വിശുദ്ധനെ പകുതി മരിച്ച നിലയില്‍ വെറുതെ വിട്ടു.

പൂര്‍വ്വാധികം ഭംഗിയായി വിശുദ്ധന്‍ സുവിശേഷ പ്രഘോഷണം നടത്തി. ഒരിക്കല്‍ ചക്രവര്‍ത്തി തന്റെ കൊട്ടാരത്തിന്റെ ജാലകത്തിലൂടെ നോക്കിയപ്പോള്‍ പ്രേഗിലെ തെരുവിലൂടെ നടന്നു പോകുന്ന വിശുദ്ധനെ കണ്ടു. ഉടന്‍തന്നെ വിശുദ്ധനെ കൂട്ടികൊണ്ട് വരുവാന്‍ ആളെ അയച്ചു. ഒന്നല്ലെങ്കില്‍ ചകവര്‍ത്തിനിയുടെ കുമ്പസാര രഹസ്യം തന്നോട് വെളിപ്പെടുത്തുക, അല്ലെങ്കില്‍ മരിക്കുവാന്‍ തയ്യാറായി കൊള്ളുവാന്‍ പറഞ്ഞു. എന്നാല്‍ താന്‍ മരിക്കുവാന്‍ തയ്യാറായതായി വിശുദ്ധന്‍ അറിയിച്ചു. തുടര്‍ന്ന് ചക്രവര്‍ത്തി വിശുദ്ധനെ കൈകാലുകള്‍ ബന്ധിച്ച് മുള്‍ഡാ നദിയില്‍ എറിയുവാന്‍ ഉത്തരവിട്ടു. 1383 മെയ്‌ 16നായിരുന്നു ഇത സംഭവിച്ചത്.

നദിയിലെ വെള്ളത്തില്‍ ഒഴുകി കൊണ്ടിരുന്ന വിശുദ്ധന്റെ ശരീരത്തില്‍ ഒരു ദിവ്യപ്രകാശം പതിഞ്ഞതായി പറയപ്പെടുന്നു. നദിയില്‍ താന്‍ കണ്ട ദിവ്യപ്രകാശത്തിന്റെ കാരണം ചക്രവര്‍ത്തിനി ആരാഞ്ഞപ്പോള്‍ ചക്രവര്‍ത്തി പരിഭ്രാന്തനായി. രാവിലെതന്നെ വിശുദ്ധന്റെ കൊലപാതകത്തെ കുറിച്ച് ജനങ്ങള്‍ അറിയുകയും ആ നഗരം മുഴുവനും നദിക്കരയില്‍ തിങ്ങികൂടുകയും ചെയ്തു. പിന്നീട് വിശുദ്ധന്റെ ഭൗതീകശരീരം അടുത്തുള്ള ഒരു കത്രീഡലില്‍ അടക്കം ചെയ്യുകയും ചെയ്തു. വിശുദ്ധന്റെ ഈ ശവകുടീരത്തില്‍ രോഗശാന്തി ഉള്‍പ്പെടെയുള്ള നിരവധി അത്ഭുതങ്ങള്‍ നടന്നിട്ടുള്ളതായി പറയപ്പെടുന്നു.

ഈ സംഭവത്തിനു ശേഷം ചക്രവര്‍ത്തിനി വളരെ പരിതാപകരമായ ജീവിതമായിരുന്നു നയിക്കുകയും 1387-ല്‍ സമാധാനപൂര്‍വ്വം മരിക്കുകയും ചെയ്തു. ക്രൂരനായ ഭരണാധികാരിക്ക് അദ്ദേഹത്തിന്റെ തിന്മപ്രവര്‍ത്തിയുടെ ഫലം ലഭിക്കുകയും ചെയ്തു. ആഭ്യന്തര യുദ്ധത്തില്‍ സാമ്രാജ്യം വിഭജിച്ചു പോവുകയും 1400-ല്‍ ചക്രവര്‍ത്തി ഭരണത്തില്‍ നിന്നും നിഷ്കാസിതനാവുകയും ചെയ്തു.

ചുരുങ്ങിയ വര്‍ഷങ്ങള്‍ക്കുളില്‍ വിശുദ്ധന്റെ ശവകുടീരത്തില്‍ നിരവധി അത്ഭുതങ്ങള്‍ നടക്കുകയുണ്ടായി. ചക്രവര്‍ത്തിമാരായിരുന്ന ഫെര്‍ഡിനാന്റ് രണ്ടാമനും, മൂന്നാമനും ജോണ്‍ നെപോമുസെന്റെ വിശുദ്ധീകരണത്തിനു വേണ്ടി ശ്രമങ്ങള്‍ ആരംഭിച്ചു. ചാള്‍സ് ആറാമന്റെ കാലത്താണ് ജോണ്‍ നെപോമുസെനെ വിശുദ്ധനായി പ്രഖ്യാപിക്കുന്നത്. 1719-ല്‍ വിശുദ്ധന്റെ കല്ലറ തുറക്കുകയുണ്ടായി. 330 വര്‍ഷങ്ങള്‍ക്ക് ശേഷവും വിശുദ്ധന്റെ ശരീരത്തിലെ എല്ലുകള്‍ക്ക് യാതൊരു കുഴപ്പവും കൂടാതെയിരിക്കുന്നതായി കണ്ടു.

വിശുദ്ധന്റെ നാക്കിനും യാതൊരു കുഴപ്പവുമുണ്ടായിരിന്നില്ല. ബൊഹേമിയയില്‍ വിശുദ്ധന്റെ മരണം മുതല്‍ക്കേ തന്നെ അദ്ദേഹത്തെ ഒരു രക്തസാക്ഷിയായി ആദരിച്ചു വന്നിരുന്നു. വിശുദ്ധന്റെ പേരിലുള്ള അത്ഭുതങ്ങള്‍ നിയമപരമായി വാസ്തവമാണെന്ന് തെളിയുകയും തുടര്‍ന്ന് ബെനഡിക്ട് പതിമൂന്നാമന്‍ ആദേഹത്തെ വിശുദ്ധനായി പ്രഖ്യാപിക്കുകയും ചെയ്തു.